Accelerating data movement between GPUs and storage or memory
Chris J. Newburn (CJ), Distinguished Engineer, NVIDIA, [email protected]
Magnum IO architect. Ph.D., Carnegie Mellon University 1997
Da Zheng, Sr. Applied Scientist, AWS, [email protected]
ML framework/algo leads; DGL/DGL-KE/DistDGL/TGL Ph.D. Johns Hopkins 2016
Harish Arora, Principal Product Manager, NVIDIA, [email protected]
Magnum IO product mgr, Storage/Networking for DGX. MS IMT, MBA Cornell
Mar 22, 2023, 1pm
目录
引言
NVIDIA在加速存储I/O方面的新发展:
* Magnum IO
* GPUDirect
* NVIDIA的存储空间创新
* GPUDirect Storage
* GPU发起的存储
* 安全性
NVIDIA® Magnum IO
数据中心和边缘的优化数据移动、访问、管理I/O子系统。
-
存储
- 存储与GPU之间的直接数据路径
- 未来:由GPU发起的存储
- 未来:通过将存储客户端从计算节点移动到DPU来提高安全性
-
网络
- InfiniBand, Ethernet
- MPI, NCCL, NVSHMEM, UCX, GDA KI Network
-
管理
NVIDIA GPUDirect™
关于谁决定做什么以及何时做的工作变体,以增加GPU的自主性。
GPUDirect 异步与非异步模式:
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GPUDirect (非异步) |
GPUDirect 异步 |
| CPU发起 (准备, 触发) |
CPU准备, GPU触发 |
GPU内核发起 |
| 视频 |
GPUDirect Video |
Stream triggered GDA-ST |
| 本地GPU |
GPUDirect Peer-Peer P2P |
Graph triggered GDA-GT |
| 远程主设备 |
GPUDirect RDMA |
Kernel triggered GDA-KT |
| 存储 |
GPUDirect Storage GDS |
|
- GPUDirect支持GPU之间直接数据移动,无需在CPU中进行中间暂存。
- 随着内存变得可迁移,源/目标可能位于GPU或CPU中。
- 网络和存储I/O涉及:
- 准备:为I/O设备创建工作请求,例如命令队列上的工作队列条目。
- 触发:将工作请求传递给/同步I/O设备,例如按门铃。
NVIDIA Magnum IO GPUDirect Storage
概述
GPUDirect Storage将文件I/O作为CUDA的一部分。
传统文件系统访问与GPUDirect Storage访问对比
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传统文件系统访问
- 2次DMA操作
- 需要跳动缓冲区
- 将CPU <=> PCI带宽减半
-
GPUDirect Storage 访问
- 单次DMA操作
- 无跳动缓冲区
- 独立于CPU <=> PCI
- 类似于Posix的API:
cuFileRead, cuFileWrite
合作伙伴更新
合作伙伴生态系统正在响应客户需求而扩展。
所有通用合作伙伴:NVIDIA GPUDirect Storage 集成解决方案已投入生产,包括DDN, DellEMC, Hewlett Packard Enterprise, Hitachi Vantara, IBM, KIOXIA, LIQUID, Micron, NetApp, Samsung, Scaleflux, SUPERMICRO, ThinkParQ, VAST, WEKA。
文件系统合作伙伴:
GPUDirect Storage 文件系统合作伙伴列表
- 开源Lustre 2.15支持GPUDirect Storage。
- 通过参加S52331会议了解更多关于HPE Ezmeral的信息。
用例
用于逆时偏移 (RTM)
逆时偏移(RTM)用例总结。
- 一种地震偏移技术。
- 尝试NVIDIA的CPU加速RTM实现 - Energy SDK Samples。
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工作流程
- 通过在GPU上计算正向和反向波传播来生成地震图像。
- 关键指标 = 单次偏移时间(正向传播 + 反向传播 + 成像)。
- 单次偏移会生成TB级数据,必须快速保存/写入。
-
用于存储/保存快照的后端
- 系统DRAM
- 通过GPUDirect Storage在NVMe(本地文件系统)上
- 通过POSIX在NVMe(本地文件系统)上
用于逆时偏移结果
RTM性能结果:小问题规模与大问题规模
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小问题规模
imageGrid.size.y=201 在2个GPU + 2个NVMe上
- 总快照数据大小 = 1.3TB
- 端到端时间(秒,越少越好)显示GPUDirect Storage比内存快1.9倍,比磁盘(fwrite/fread)快1.1倍。
- 总结
- GPUDirect Storage优于系统内存。
- GPUDirect Storage比系统内存更经济。
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大问题规模
imageGrid.size.y=960 在8个GPU + 8个NVMe上
- 总快照数据大小 = 5.9TB
- 端到端时间(秒,越少越好)显示GPUDirect Storage比磁盘(fwrite/fread)快4.5倍。
- 总结
- 系统内存(>2TB)对于大型问题不是一个选择。
- 数据压缩将提高性能。
最新评估 (KAUST PSTM)
KAUST的PSTM基准测试。
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使命
- KAUST超级计算实验室(KSL)的使命是通过开发和应用HPC解决方案,通过与KAUST研究人员和合作伙伴的合作,以及通过提供世界一流的计算系统和服务,激发并实现科学、经济和社会进步。
- 了解更多关于KSL -
https://www.hpc.kaust.edu.sa/
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KAUST超级计算机
- 基于CPU的Shaheen II超级计算机。
- 带有GPU和Weka IO存储的IBEX集群,用于科学计算和AI应用。
- Shaheen III计划于2023年底推出,基于NVIDIA Grace Hopper,性能达100 PFlops/s。
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成就
- KAUST与石油和天然气行业合作,在地震成像、油藏模拟和工程领域打破了3项世界纪录。
用于叠前时间偏移 (PSTM)
用例亮点 – KAUST的PSTM基准测试。
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叠前时间偏移 (PSTM)
- 地震偏移是一组将记录的地震反射数据转换为地球内部反射边界图像的技术。
- PSTM基于计算地下点能量散射的走时曲面。
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PSTM工作流程特点
- 简单而并行地在GPU上计算。
- 大数据集 → I/O密集型。
- 行业标准数据文件格式 → SegY (Media header, File header, Chunk, Bulk Data, Chunk, Bulk Data)。
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PSTM工作流程分析
PSTM工作流程分析和I/O瓶颈
用于叠前时间偏移 (PSTM) 结果和优化机会
PSTM完整应用加速结果
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GPUDirect Storage加速
- PSTM完整应用加速显示:基线为1.00,GDS-Naive-Integration为0.39,Batch Without GDS为1.05,Batching GDS为1.19。
- 使用GPUDirect Storage Batch API实现1.2倍增益。
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进一步优化机会
- 大型I/O请求。
- 4KB对齐I/O。
- 将GDS与WekaFS结合使用。
- 优化写入路径。
- 评估新的GPUDirect Storage功能:
其他用例
许多用例和应用配置文件已证明成功。
GPUDirect Storage在不同应用中的I/O性能提升及工作流程
-
I/O性能提升
- RAPIDS/cuCIM: 11倍
- HPC可视化: 8倍
- 基因分型: 6倍
- HDF5: 5倍
- DeepCAM推理: 4.6倍
- KvikUII/Zarr: 2.9倍
- 地震模拟: 2.5倍
- Merlin: 1.4倍
- Cosmoflow DL训练: 1.2倍
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保持工作流程和数据在GPU上
-
优点
- CUDA中的文件I/O。无需特殊硬件。
- 2倍-8倍带宽提升。
- 更快的I/O到GPU内存。
- CPU利用率最高降低3倍。
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要求
- 使用CTK。
- 系统拓扑(PCIe交换机)。
- 仅限于GPUDirect / Vidmem。
- 仅限于O_DIRECT。
-
许多GPU应用对I/O敏感,并处理大量数据。
用户经验教训
应用开发者喜欢GPUDirect Storage的性能,但有额外的要求。
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混合数据处理
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异步I/O与GPU上的计算重叠
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统一API更易于采用/使用
- POSIX用于元数据,GDS API用于批量数据。
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CSP环境
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行业标准文件格式和读取器
- SegY, HDF5, Zarr, Tiff, 其他。
HDF5数据结构示例
推理与训练 - DeepCAM 和 Cosmoflow
本次内容探讨了午餐时间与全天候推理(Inference over lunch vs. all day)对简单模型训练的显著影响。
下表详细比较了DeepCAM推理、DeepCAM训练和CosmoFlow训练在不同IO模式、DNN层数和GDS增益(加速比)下的表现:
DeepCAM和CosmoFlow的推理与训练性能比较
要点:
- GDS仅在存储I/O是关键路径时才提供帮助。
- 推理或层数较少的训练。
- 随着批处理量(batch size)增大,每个样本的计算量减少。
- 总数据量随批处理量线性增长。
- 对于推理,更大的批处理量会受限于带宽 (~50 GB/s)。
NVIDIA的存储空间创新
NVIDIA在存储空间方面持续创新,为未来奠定了坚实基础。主要方向包括:
- 兼容性:驱动存在、平台变体方面(CUDA 12.2+)。
- 集合(Sets):从实例到批处理的转换(CUDA 12.0.1)。
- 同步性(Synchrony):从同步到异步的流/图处理(CUDA 12.2, 实验性)。
- 控制源:控制权从CPU转移到GPU、DPU(CUDA POC)。
兼容性
旨在实现同步提交、异步完成,并分摊用户-内核开销。
融合DPU-GPU
将远程存储的数据通过NIC传输到GPU,且数据流不离开卡。
GDS在NFS读取上的性能比较和融合DPU架构图
要点:
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设置
- A100T=BF2@200Gbps+A100 GPU
- 远程存储
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有/无Arm核负载
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使用GDS的加速比
- 无负载时为1.1x-1.7x
- 有负载时为1.3x-1.6x
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使用GDS的CPU利用率降低
批处理 - CUDA 12.0.1中的新功能
实现同步提交、异步完成,并分摊用户-内核开销。
CUDA 12.0.1批处理功能流程图
批处理结果
在略微牺牲吞吐量的情况下,显著降低CPU利用率。
- 批处理性能:在1个主机线程下,批处理性能为非批处理性能的75-90%。
- CPU利用率降低:特别是在32KB以下的I/O大小,CPU利用率更低。
GDS批处理与线程处理对比及cuFileBatch与Linux AIO对比
异步 - 未来功能
在流中实现异步提交、异步完成。
同步提交与异步提交流程对比
行动号召:
* 对(公开)实验性API提供反馈。
* 在即将发布的版本中试用它们。
控制源
CPU、DPU、GPU都可以控制NVMe存储。
CPU、DPU、GPU控制NVMe存储的架构图及特性表
新功能 (即将推出)
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GPUDirect Storage
-
现在可用
- GPUDirect (GPU内存)
- GPUDirect模式
- 兼容模式
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2023年6月
- GPUDirect (GPU内存)
- GPUDirect模式
- 兼容模式
-
-
异步API支持
- 启用:
- 混合数据处理
- 单一I/O API
- CSP环境
- 标准文件格式
- 读取器库
-
新工作负载 (2023年下半年)
- MONAI
- NVIDIA RAPIDS
- NVIDIA Data Loading Library (DALI)
- NVIDIA Merlin
- MPI-IO, PHDF5, PnetCDF
- 许多其他...
-
分发 (2023年下半年)
- NVIDIA虚拟机镜像 (VMI)
- NVIDIA DGX Pod
- NVIDIA DGX Cloud
- NVIDIA AI Enterprise
- NVIDIA DGX解决方案
- NVIDIA CUDA Toolkit
请联系我们 - [email protected]
GPU发起的存储
问题:大量随机细粒度访问
GPU并发性是实现吞吐量的关键。
-
大量随机细粒度访问 → 大量并发以最大化吞吐量。
- GPU >> 并发 CPU;控制和数据路径将在CPU上成为瓶颈。
-
GPU上消耗的数据;请求也可能在那里生成。
-
关于速率的关键假设。
- 吞吐量 = min(GPU请求生成, $ bw, NVMe未命中访问, GPU上的数据消耗)。
-
GPU相对于CPU的优势:
- 生成请求:更多的线程生成请求。
- 请求本地缓存:更多的线程并行访问,容忍延迟。
- 向NVMes发出请求:更多的线程生成NVMe请求。
- 消耗数据:更多的线程和其他加速功能,如Tensor Cores。
使用模型
需要高效键值API来处理大量小I/O到GPU内存的批处理。
图机器学习中的应用
工业中的图机器学习
图机器学习在工业中主要应用于节点级预测和边级预测。
节点级预测与边级预测示意图
图神经网络 (GNN)
图神经网络是一系列学习节点、边和图嵌入的(深度)神经网络。
图神经网络工作原理示意图和关键词使用趋势
GNN如何工作?
- 每个节点周围的自我网络(ego-network)用于学习捕获任务特定信息的嵌入。
- 嵌入使用图的结构和节点与边的特征。
- 嵌入以端到端的方式学习;因此,预测是目标节点自我网络的函数。
图上的Mini-batch训练
一个mini-batch表示针对某些目标节点的计算图。
图上的Mini-batch训练示意图
使用DistDGL进行多机分布式训练
设计:
* 在机器间划分图。
* 数据并行mini-batch训练。
* 同步GNN模型参数更新。
* 异步稀疏嵌入更新。
DistDGL多机分布式训练架构图
分布式 GNN 训练
CPU-based 分布式训练
本架构展示了基于 CPU 的分布式训练,其核心思想是协同放置数据与计算,以减少网络通信。每个 GPU 实例都有一个与其关联的服务器进程,该进程负责处理节点/边特征。采样器从服务器进程获取数据,然后由训练器进程在 GPU 上执行计算。不同服务器进程之间通过网络交换节点/边特征。
CPU-based distributed training Page 31
NVMe-based 分布式训练
此架构图与前一页类似,但明确指出节点/边特征存储在 NVMe 存储上。通过将数据与计算协同放置,利用 NVMe 的特性,旨在减少网络通信,并可能提高数据访问效率。
NVMe-based distributed training Page 32
扩展 GNN 训练和内存需求
该幻灯片展示了在大规模 GNN 训练中,NVMe 如何显著降低 CPU 内存消耗,并强调了 NVMe 在成本效益上的优势。
| Graph Size |
Total memory size |
Node feature size |
Reduce CPU memory consumption with NVMe by (%) |
OGBN-papers100M #100M nodes #1.6B edges 128 node features |
100 GB |
52 GB |
52% |
MAG-LSC #240M nodes #3.4B edges 768 node features |
224 GB |
174 GB |
78% |
Future target O(10-100B) nodes O(100B-1T) edges |
100 TB to >1 PB |
100 TB to >1 PB > feature richness |
improves with > nodes, compression |
Scale GNN training and memory requirements Page 33
- 将节点/边特征存储在 NVMe 上可以显著减少 CPU 内存消耗。
- NVMe 比 CPU 和 GPU 内存便宜得多,且容量更大。
- 如果 NVMe 性能能够跟上 GPU 训练速度,这将是扩展 GNN 训练更具成本效益的方法。
分布式 GNN 训练管道
分布式 GNN 训练管道的迷你批次训练步骤包括:
- 采样迷你批次
- 复制节点/边特征
- 迷你批次计算
下表展示了每一步所需的数据复制吞吐量:
Distributed GNN training pipeline Page 34
- AWS 系统信息: g4dn.metal with T4 GPUs (2560 CUDA cores @ 585MHz)
- 结论:当前的 CPU 和 NVMe 无法跟上,需要更好的解决方案。足够快的 NVMe 可以减少内存消耗,并降低成本。
设计目标和要求
此项工作目前处于研究中的概念验证 (POC) 阶段,并非已承诺的产品。
设计目标:
- 提供新的 API 以从 GPU 访问存储 IO。
- 最大化大批量数据访问的吞吐量。
- 扩展处理无法完全适应 GPU HBM 或 CPU DDR 的超大数据集,利用更便宜的 NVMe。
- 缓解 NVMe IOPs 成为 GPU 与 CPU 瓶颈的问题。
满足要求的设计选择:
- 在数据存在临时或空间局部性时:
- GPU 内部缓存的带宽应远大于 PCIe 进入 GPU 的带宽。
- 使缓存行大小与块大小匹配,以便聚合为块访问。
- NVMe 提供的存储容量。
- 通过在丰富的 GPU 线程上发出并发访问来最大化 NVMe 带宽。
架构
该架构旨在最终消除 CPU 作为存储瓶颈。
GPU-initiated storage architecture Page 36
- 请求的生成、发起、服务和消费都发生在 GPU 上。
- GDA KI 存储允许由 GPU 发起和触发的存储 IO 访问。
- 这是 Magnum IO 的一个关键支柱:灵活的抽象。
NVIDIA GNN 性能结果与我们的 POC
平衡的端到端系统达到了最佳可用吞吐量。
NVIDIA GNN performance results with our POC Page 37
GNN 性能
GPU 发起的 IO 可以轻易饱和存储吞吐量。
GNN Performance Page 38
- MAG240M 数据集,GraphSAGE 模型运行在 NVIDIA A100 GPU 和 8 块 Samsung 17XX SSDs 上。
图表显示,IO 带宽持续保持在约 25 GBps,IOPS 持续保持在约 6 Million。
当前 POC 限制
这是一个具有可扩展架构的有效概念验证。
限制:
- 规模: 仅限于带 CPU/GPU/NVMe 的单节点。
- 访问 API: 内存数组抽象。
- NVMe 加载:
- NVMe 已预加载。
- 请求总是命中 NVMe 层。
- 尚未集成到 AWS 的端到端 (E2E) 系统中。
AWS 适用性
下表比较了不同节点特征复制方法在 AWS 上的吞吐量表现:
AWS applicability Page 40
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原型的相关性:
- 带宽显著超过当前通过 CPU 访问 CPU 和 NVMe 的替代方案。
- 训练成本大大降低。
- 提供巨大的内存地址空间并随图大小进行扩展。
- 简化了存储编程。
- 最大限度地降低了图分区成本。
-
GPU 发起的存储未来方向的优先级:
- 分布式支持。
- 统一数据访问 API 以隐藏所有复杂性。
- 预取数据以重叠计算和通信。
安全
考虑点
安全方面的考虑点包括:
信任区域
Trust zones Page 42
- 控制路径由受信任的基础设施(DPU)启用。
- 数据路径(RDMA)不受限制。
权衡
该部分旨在提出问题并作为一个社区来探索技术。
Trade-offs Page 43
-
在何处实现解决方案的选择:
- 将客户端工作外包给 DPU(左侧)。
- 在计算主机阈值处代理文件服务器的操作(右侧)。
-
关于解决方案的努力、鲁棒性、通用性的权衡。
DPU 作为授权的关口
凭据发送到由更受信任的 DPU 而非计算节点使用。
DPU as a gate to authorization Page 44
此图展示了 DPU 如何作为授权的关口。来自节点1(用户A,用户B)和节点2(用户C)的请求通过 DPU 路由到文件服务器。DPU 还能与调度器进行用户-节点映射。通过 DPU,可以实现更细粒度的访问控制和授权。
动态数据和静态数据
密钥分发给 DPU 而非不受信任的计算节点。
Data in motion and at rest Page 45
此图说明了 DPU 如何处理数据的加密和解密,无论数据是动态的(in motion)还是静态的(at rest)。节点处理明文数据,而 DPU 执行加密/解密操作。文件服务器接收加密的数据,并通过文件命令与 DPU 交互。这确保了即使文件服务器存储的数据也是加密的,增强了安全性。
鸣谢 (Credits)
-
GPUDirect Storage 团队
- Kiran Kumar Modukuri, Zhen Zeng, Sourab Gupta, Rebanta Mitra, Prashant Prabhu, Aniket Borkar, Vahid Noormofidi, Sandeep Joshi, Salah Chaou
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NVIDIA 研究团队
- Wen-mei Hwu, Isaac Gelado, Vikram Sharma Mailthody, Zaid Qureshi
-
NVIDIA GNN 团队
- Kyle Kranen, Nicolas Castet, Onur Yılmaz, Joe Eaton
-
NVIDIA GPU 通信团队
- GPUDirect 技术: Davide Rosetti, Pak Markthub
- 库: Jim Dinan, Sreeram Potluri
-
UIUC
- Arpandeep Khatua, Jeongmin Park
-
东京大学
- Kazuo Goda, Tsuyoshi Ozawa, Yuya Miura
行动呼吁 (Call to action)